1，提高作物产量，改善作物品质

生物有机肥营养物质释放缓慢。以氮素营养而言，多以NH4+或氨基酸形式供给植物，进入植物细胞后无需消耗大量能量和植物光合作用产物，如糖分和有机酸等，直接参与植物细胞物质的合成，故植物生长快，积累的糖分等物质多，自然农产品质量好，且很少有硝酸盐等有害物质污染。在巴戟天的种植中应用生物有机肥，巴戟天的有效成分甲基异茜草素-1-甲醚、醇溶性糖及多糖均有不同程度的增加。

2，提高土壤肥力，改善土壤理化性质

土壤有机质直接影响着土壤的保肥性、保水性、缓冲性和通气状况等。因此，土壤有机质含量是衡量土壤肥力的一项重要指标，是土壤肥力的物质基础。

施用生物有机肥不仅能补充被消耗的植物养分，而且还能不断提高土壤有机质含量。在烟草的种植中应用生物有机肥，使土壤的有机质含量得到了增加。在苹果园中施用生物有机肥后，有机质含量较对照增加75.8%，土壤容重较对照降低12.50%，毛管孔隙度增加9.8%，可以明显改善土壤结构，增加土壤孔隙度，提高土壤保水保肥和通气能力。

有机质经微生物分解，缩合成新的腐殖质，它能与土壤中的粘土及钙离子结合，形成有机无机复合体，促进土壤中水稳性团粒结构的形成，从而可以协调土壤中水、肥、气、热的矛盾，改善土壤结构，使土壤疏松，耕性变好。

3,增加土壤向作物提供营养的能力

一般情况下，生物有机肥料中添加有固氮微生物，该类微生物主要通过其中固氮酶的作用，将空气中的N2还原为可被作物吸收利用的NH4+。微生物的固氮效率因土壤条件的不同而有较大差异。

生物有机肥中还添加了一定数量的溶磷微生物和硅酸盐细菌，施入土壤后经增殖并与其它土壤微生物协同作用，可分解土壤中某些原次生矿物，并同时将这些矿物所固定的磷、钾等养分释放出来，把无效态磷、钾转化成可供作物吸收利用的有效态养分，直接被作物吸收利用，提高土壤供肥能力。

4，改善土壤微生态系统，提高土壤生物肥力的水平

一般腐熟的有机肥中含有酵母菌、乳酸菌、纤维素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有机肥还可能含有固氮菌、硅酸盐细菌、溶磷微生物、光合细菌及假单胞菌等一些有益菌。这些微生物除了具有产生大量活性物质的能力外，有的还具有固氮、溶磷、解钾的能力，有的具有抑制植物根际病原菌的能力，有的则具有改善土壤微生态环境的能力。

生物有机肥施入土壤后能够调节土壤中微生物的区系组成，使土壤中的微生态系统结构发生了改变。在果园施用生物有机肥后，根区土壤细菌、真菌和放线菌数量显著增加，其中细菌占优势。这是因为当有新鲜有机物质进入土壤后，为微生物提供了新的能源，使微生物在种群数量上发生较大的改变。

在我国现有的耕作栽培管理体系下，如长期连作、过多地依赖化肥、不合理或过多使用农药等，造成土壤微生物和土壤动物组成向恶劣方向发展，不仅有害微生物群体数量上升，而且降低了土壤生物肥力水平，这可能是今后可持续发展中值得重视和加强研究的。

微生物是生物肥力的核心，是共同构成土壤肥力不可或缺的核心组分。人工接种微生物，即施用生物有机肥,是维持和提高土壤肥力的有效手段。

5,减少或降低植物病虫害的发生

生物有机肥具有改善土壤生态环境及土壤微生物区系的作用，在减少作物病虫害发生方面发挥着更为重要的作用。这是因为在生物有机肥中含有多种非病原微生物菌群，在微生物的生长繁殖过程中，具有竞争性抑制作用，并能分泌出多种抗生素、杀虫物质及植物生长激素，不但能抑制植物病原微生物的活动，起到防治植物病害的作用，而且能刺激作物生长，使其根系发达，促进叶绿素、蛋白质和核酸的合成，提高作物的抗逆性。